ويتبع الصندوق رئيس مجلس الوزراء، ويتولى التنسيق مع اللجنة الوطنية التنسيقية لمكافحة ومنع الهجرة غير الشرعية والاتجار بالبشر، والوزارات والجهات ذات الصلة، ومن أهم مهامه تقديم المساعدات المالية للضحايا المتضررين من الجرائم المنصوص عليها في القانون رقم 64 لسنة 2010، والذي يتناول الاتجار بالبشر.
وتتضمن المهام الرئيسية للصندوق تنفيذ مشاريع لصالح الضحايا، وإعداد برامج الرعاية والتعليم والتدريب والتأهيل من خلال المنظمات الحكومية وغير الحكومية، وتمويل البحوث والدراسات والتدريب والبرامج الثقافية المتعلقة بمكافحة الاتجار بالبشر. كما سيدعم الصندوق الأنشطة المحددة في الاستراتيجية الوطنية لمكافحة الاتجار بالبشر وتمويل برامج الدعم النفسي والصحي والاجتماعي للضحايا.
ويحدد مشروع القرار الهيكل التنظيمي لصندوق مساعدة ضحايا الاتجار بالبشر، بما في ذلك تشكيل مجلس إدارة الصندوق واختصاصاته، وواجبات رئيسه، وتحديد موارد الصندوق، بالإضافة إلى تقديم رئيس مجلس الإدارة تقريراً سنوياً عن أنشطة الصندوق، يعتمده رئيس مجلس الوزراء، خلال ثلاثة أشهر من نهاية السنة المالية.
وتأتي هذه الخطوة في إطار الجهود المستمرة التي تبذلها مصر لمعالجة ومكافحة الاتجار بالبشر، وضمان الدعم الشامل للضحايا.